歷史學(xué)系是復(fù)旦大學(xué)最為悠久的系科之一，1905年復(fù)旦公學(xué)高等正齋創(chuàng)設(shè)伊始，就在文科中開(kāi)設(shè)有歷史學(xué)課程。1925年正式設(shè)系，時(shí)稱(chēng)史學(xué)系。1937年隨校本部遷往重慶，1938春改為史地學(xué)系。1949年夏，暨南大學(xué)和同濟(jì)大學(xué)文學(xué)院并入復(fù)旦，由于地理教學(xué)力量較弱，其他院校史地也多分開(kāi)設(shè)系，遂議決改為史學(xué)系。1952年全國(guó)院系調(diào)整時(shí)，因?yàn)榈玫浇愣嗨髮W(xué)著名史家的加盟，復(fù)旦歷史系獲得前所未有的發(fā)展機(jī)遇。本系的教授，在中國(guó)史方面，有周予同、譚其驤、陳守實(shí)、胡厚宣、馬長(zhǎng)壽、蔡尚思、楊寬等;在世界史方面，有周谷城、王造時(shí)、耿淡如、陳仁炳、章巽、田汝康等。還有當(dāng)時(shí)已脫穎而出的中青年史家，如程博洪、張蔭桐、胡繩武、趙人龍、金沖及等。一大批學(xué)者匯聚于此，逐步形成了復(fù)旦歷史系自身的研究特色。如周谷城關(guān)于世界古代史及其他領(lǐng)域的研究，譚其驤的中國(guó)歷史地理研究，周予同的經(jīng)學(xué)史研究，陳守實(shí)的中國(guó)土地制度研究，胡厚宣的甲骨文研究，蔡尚思的中國(guó)思想文化史研究，楊寬的先秦史研究，章巽的中國(guó)古代海上交通研究，田汝康的古代中國(guó)與東南亞地區(qū)的海上交通和華僑問(wèn)題、民族問(wèn)題研究等，都有很高的學(xué)術(shù)建樹(shù)。如周予同先生所言，歷史系的發(fā)展要定位于“為復(fù)旦爭(zhēng)取學(xué)術(shù)地位”，正是老一輩學(xué)者的工作，奠定了歷史學(xué)系在復(fù)旦大學(xué)、在中國(guó)史學(xué)界的學(xué)科地位。
1981年，教育部公布首批博士點(diǎn)，歷史學(xué)系中國(guó)古代史、歷史地理學(xué)、世界上古史中古史、世界地區(qū)史國(guó)別史專(zhuān)業(yè)占據(jù)其中4席。1994年被教育部列入“國(guó)家文科基礎(chǔ)學(xué)科人才培養(yǎng)基地”，1996年建立了歷史學(xué)博士后流動(dòng)站，1997年成為中國(guó)國(guó)內(nèi)首批五家獲得歷史學(xué)一級(jí)學(xué)科博士授予權(quán)的單位之一。近年來(lái)，在學(xué)科建設(shè)上也有所突破，2004年“中外現(xiàn)代化進(jìn)程研究中心”列入教育部人文社科重點(diǎn)研究基地;2007年“中國(guó)近現(xiàn)代史”成為“國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科”。
從1980年代后期起，原屬歷史系的歷史地理和文物與博物館專(zhuān)業(yè)，先后獨(dú)立為歷史地理研究所和文物與博物館學(xué)系。復(fù)旦大學(xué)歷史系則在歷史學(xué)一級(jí)學(xué)科之下，設(shè)有史學(xué)理論與史學(xué)史、中國(guó)古代史、中國(guó)近現(xiàn)代史、世界史、專(zhuān)門(mén)史、歷史文獻(xiàn)學(xué)、當(dāng)代中國(guó)史七個(gè)二級(jí)學(xué)科，各學(xué)科均招收碩士生和博士生�；诒究萍把芯可虒W(xué)安排的需要，基本學(xué)科架構(gòu)主要?jiǎng)澐譃橹袊?guó)古代史、中國(guó)近現(xiàn)代史、世界史，而在科研工作中，則不限于此。除此三者外，還按照專(zhuān)門(mén)史、歷史文獻(xiàn)學(xué)、西方史學(xué)史及史學(xué)理論等上述二級(jí)學(xué)科方向進(jìn)行組織。
進(jìn)入2011年，隨著國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)和教育部頒行新的學(xué)科目錄，原歷史學(xué)一級(jí)學(xué)科被拆分為中國(guó)史、世界史和考古學(xué)三個(gè)一級(jí)學(xué)科。復(fù)旦大學(xué)歷史系將依照新調(diào)整的學(xué)科設(shè)置，根據(jù)自身傳統(tǒng)的學(xué)科優(yōu)勢(shì)進(jìn)行整合，努力在中國(guó)史和世界史兩個(gè)研究領(lǐng)域進(jìn)一步開(kāi)拓創(chuàng)新，在人才培養(yǎng)與科學(xué)研究中不斷取得新的成績(jī)。