21世紀是知識經(jīng)濟時代，中國社會主義市場經(jīng)濟走向成熟的重要歷史時期。為適應21世紀社會、經(jīng)濟和人自身發(fā)展的需要，中國的高等教育正從過去適應計劃經(jīng)濟的舊體制邁向適應社會主義市場經(jīng)濟的新體制。中國的高等教育在理念、體制、管理模式等方面必將發(fā)生深刻變革，高等教育在我國現(xiàn)代化建設中的地位，也越來越重要。高等教育改革的實踐呼吁高等教育改革的理論創(chuàng)新。

　　1983年，南開大學決策層為適應開展中國高等教育研究的需要，高等教育體制改革中出現(xiàn)的新情況，新問題開展系統(tǒng)研究，成立了高等教育研究室，在校長直接領導下開展工作。1998年12月，南開大學領　　導集體強調(diào)指出：現(xiàn)代高等教育研究是現(xiàn)代高等教育改革和發(fā)展的重要基礎和動力。 學校鼓勵對21世紀中國和世界高等教育學進行深入研究，將教育教學研究成果作為學校對各院、系教學評價的指標之一，并決定在原高等教育研究室基礎上，成立高等教育研究所。

　　經(jīng)過數(shù)年的發(fā)展，高等教育研究所于2000年獲得高等教育學碩士學位授予權。同年9月，學校領導集體為建設高水平大學，在實行學院制，深化校內(nèi)機構改革中，為盡快恢復和重建南開的教育學科，將高等教育研究所從學校本部行政單位中撥離出來，建成以教育科學研究與人才培養(yǎng)為主，同時為學校改革與發(fā)展服務的學院級學術研究機構。

　　南開大學具有優(yōu)良的傳統(tǒng)，出現(xiàn)過很多著名教育家，擁有自己的辦校風格和有特色的教育思想及教育方法。早在20世紀20年代，南開大學就創(chuàng)立了教育學科，但于1952年院校調(diào)整是被取消。南開大學是國內(nèi)外著名的綜合性大學，高等教育研究所將發(fā)揮我校綜合學科實力強的優(yōu)勢，發(fā)展南開教育學科。與我校各優(yōu)勢學科相結(jié)合，開展高等教育思想理論、高等教育經(jīng)濟學、高等教育史學、發(fā)展高等教育學、國際高等教育比較、企業(yè)內(nèi)高等教育、高等教育心理學等方面的研究，以盡快形成南開高等教育學研究特色。

　　高等教育研究所將以現(xiàn)有高等教育學碩士點為基礎，培養(yǎng)高等教育學高級專門人才，并適時地發(fā)展教育學科本科專業(yè)，創(chuàng)造條件申請高等教育學博士學位授予權。爭取通過“十五”期間或更長一段時間，把南開大學高教所建成我國高等教育學領域的重要人才培養(yǎng)基地。

　　高等教育研究所在開展高等教育理論研究的基礎上，把高等教育理論轉(zhuǎn)化為教學實際的同時，把我校及全國高等教育改革的經(jīng)驗提升為理論成果；為交流高等教育改革的經(jīng)驗；對改革中的熱點問題暢所欲言、各抒己見；在高等教育這塊園地里創(chuàng)造百家爭鳴的學術研究氛圍；以實實在在地推動教育教學改革，為我校及全國的高教改革與發(fā)展服務，于1986年南開大學創(chuàng)辦《南開教育論叢》學術季刊，由高等教育研究室主辦。