1978年上海交通大學(xué)首個(gè)代表團(tuán)出訪美國(guó)，帶回了國(guó)外發(fā)展生物醫(yī)學(xué)工程的信息。1979年上海交大建立了生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)，是全國(guó)最早建立生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)的大學(xué)之一。三十多年來，上海交大生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)的工作者們以“敢為人先，追求卓越”的精神作為指引，在科研、教學(xué)、產(chǎn)品研發(fā)等領(lǐng)域取得了一系列卓越的成就。它一直是全國(guó)最優(yōu)秀的生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)之一：在2002、2007年國(guó)家一級(jí)學(xué)科評(píng)比中分別列為生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科第三、第二名;于2002年被評(píng)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，并在2005年建立了系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)已是上海交大這一百年名校中一個(gè)“亮點(diǎn)”專業(yè)之一。
1979年4月，在精密儀器和水聲專業(yè)基礎(chǔ)上，由朱章玉、高忠華和黃燮昌老師籌建生物醫(yī)學(xué)儀器專業(yè)，于當(dāng)年7月開始招生。國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)分別于1981年、1990年審批同意上海交大“生物醫(yī)學(xué)儀器及工程”專業(yè)有權(quán)授予碩士、博士學(xué)位。1997 年上海交大成立了生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院，生物醫(yī)學(xué)工程系也同時(shí)宣告成立，朱貽盛教授任第一屆系主任。其間引進(jìn)了陳亞珠院士，聘任過胡鈞、徐學(xué)敏、任秋實(shí)三位長(zhǎng)江計(jì)劃特聘教授，(這三位長(zhǎng)江教授先后成為973首席科學(xué)家)。2004年上海交大生物醫(yī)學(xué)工程系成為全國(guó)生命科學(xué)和技術(shù)人才培養(yǎng)基地的一部分。2005 年上海交通大學(xué)被教育部批準(zhǔn)建立系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，本學(xué)科的學(xué)科帶頭人長(zhǎng)江計(jì)劃特聘教授徐學(xué)敏博士任該重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任。2005年本學(xué)科“973” 首席科學(xué)家、長(zhǎng)江計(jì)劃特聘教授任秋實(shí)博士任上海激光醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任。2006年上海交通大學(xué)被教育部批準(zhǔn)建立數(shù)字醫(yī)學(xué)工程中心，戴克戎教授任工程中心主任，陳亞珠院士任學(xué)術(shù)委員會(huì)主任。
2005年上海交大與原上海原第二醫(yī)科大學(xué)“強(qiáng)-強(qiáng)”合并后，將大力發(fā)展醫(yī)工、醫(yī)理交叉科學(xué)作為主要戰(zhàn)略之一。2007年11月12日在校領(lǐng)導(dǎo)的大力支持下，Med-X研究院正式成立，該院是上海交大“985工程”建設(shè)的重要科技創(chuàng)新平臺(tái)之一，是學(xué)校直屬的從事醫(yī)工、醫(yī)理交叉研究的科研教育機(jī)構(gòu)。2011年4月8日，于上海交大建校115周年之際，生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院在整合Med-X研究院與生物醫(yī)學(xué)工程系的基礎(chǔ)上正式成立。
上海交通大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科共分四個(gè)研究方向：
1.醫(yī)療儀器
2.醫(yī)學(xué)影像與信息學(xué)
3.神經(jīng)科學(xué)與神經(jīng)工程
4.生物材料
在科研方面，2003年胡鈞教授領(lǐng)銜的“DNA單分子的納米操縱”獲上海市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。 2004年徐學(xué)敏教授領(lǐng)銜的“中央空調(diào)系統(tǒng)中空氣清潔滅病毒病菌裝置研究”獲上海市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。同年莊天戈教授領(lǐng)銜的“JHQ醫(yī)學(xué)影像存取與傳輸系統(tǒng)”獲上海市科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)。2005年，孫福成教授領(lǐng)銜的“高強(qiáng)度聚焦超聲治腫瘤設(shè)備”獲上海市科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)。2005年朱貽盛教授領(lǐng)銜的“非線性分析方法在心腦重大疾病診斷中的應(yīng)用”獲教育部提名國(guó)家自然科學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)。2006年梁培基教授領(lǐng)銜的“視網(wǎng)膜神經(jīng)元突觸可塑性及視網(wǎng)膜神經(jīng)元網(wǎng)絡(luò)中的信息處理”獲得上海市自然科學(xué)獎(jiǎng)三等獎(jiǎng)。2005年任秋實(shí)教授獲973首席項(xiàng)目一項(xiàng)。2009年徐學(xué)敏教授獲973首席項(xiàng)目一項(xiàng)。在全國(guó)重點(diǎn)學(xué)科中僅上海交大有兩位生物醫(yī)學(xué)工程的973首席科學(xué)家。在近5年中，生物醫(yī)學(xué)工程系有973一級(jí)子項(xiàng)目7個(gè)、863重點(diǎn)項(xiàng)目2項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目1項(xiàng)、上海科委重大項(xiàng)目3項(xiàng)、專項(xiàng)2項(xiàng)、重點(diǎn)項(xiàng)目1項(xiàng)，有授權(quán)專利26項(xiàng)和國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)1項(xiàng)。生物醫(yī)學(xué)工程系的教師在Annals of Biomedical Engineering、Nano letters、Angewandte Chemie International Edition、Biophysical Journal、ASME Journal of Biomechanical Engineering、ASME Journal of Heat Transfer、IEEE Transactions on Medical Imaging、IEEE Transactions on Image Processing、IEEE Transactions on Biomedical Engineering、IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering、Annual Review of Biomedical Engineering、Optics Express、 Optics Letters、Biomaterials、Chemistry of Materials等國(guó)際一流期刊發(fā)表了一系列高質(zhì)量的論文。徐學(xué)敏教授擔(dān)任了Annals of Biomedical Engineering的Associate Editor，童善保研究員擔(dān)任了IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering的Associate Editor，趙俊副教授擔(dān)任了International Journal of Biomedical Imaging的Associate Editor 、International Journal of Imaging的Editor。
在教學(xué)方面，1996年莊天戈教授獲電子部工業(yè)部第三屆全國(guó)工科電子類專業(yè)優(yōu)秀教材一等獎(jiǎng)(計(jì)算機(jī)在生物醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用(第一版)); 1999年莊天戈教授獲上海市育才獎(jiǎng);2002年莊天戈教授編寫的教材《計(jì)算機(jī)在生物醫(yī)學(xué)工程中的應(yīng)用》 (第二版)獲教育部全國(guó)普通高等學(xué)校優(yōu)秀教材二等獎(jiǎng); 2004年莊天戈教授負(fù)責(zé)、趙俊副教授主講的《生物醫(yī)學(xué)圖像處理》獲國(guó)家級(jí)精品課程(全國(guó)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科中第一門國(guó)家精品課程)，同時(shí)獲上海市優(yōu)秀教育成果一等獎(jiǎng)。 2000年張緒省的博士論文被評(píng)為全國(guó)百篇優(yōu)秀博士論文，這是上海交大第一篇入圍的全國(guó)優(yōu)秀博士學(xué)位論文，指導(dǎo)教師為朱貽盛教授;2004年童善保的博士論文被評(píng)為全國(guó)百篇優(yōu)秀博士論文，指導(dǎo)教師為朱貽盛教授;2005年朱貽盛教授被授予上海市優(yōu)秀教育工作者稱號(hào)，同時(shí)獲上海市優(yōu)秀教育成果一等獎(jiǎng)。