藥學(xué)院藥物化學(xué)學(xué)科由藥物化學(xué)、天然藥物化學(xué)和生物合成藥物化學(xué)相關(guān)學(xué)科所組成。本學(xué)科是我國最早建立的藥物化學(xué)學(xué)科之一,成立于1952年。早期由歷史悠久的中法大學(xué)藥科、上海藥學(xué)院、浙江大學(xué)藥學(xué)系等著名的藥物化學(xué)、植物化學(xué)和有機化學(xué)多名二級教授領(lǐng)銜，學(xué)科基礎(chǔ)扎實，在我國藥學(xué)界享有盛譽。1981年和1990年，本學(xué)科成為碩士和博士學(xué)位授予點;1995年成為上海市教委重點學(xué)科; 1999年成立藥學(xué)(一級學(xué)科)博士后流動站; 2000年成為上海市 “重中之重”重點學(xué)科(藥學(xué)一級學(xué)科)。經(jīng)過幾代人的艱苦奮斗和辛勤耕耘，不斷壯大，現(xiàn)有8名教授(研究員)、7名副教授(副研究員)、16名講師、2名雙聘院士。

　　嚴謹求實、努力創(chuàng)新、精品化培養(yǎng)、強化不同學(xué)校的交融及不同學(xué)科的交叉是本學(xué)科的特色。旨在培養(yǎng)學(xué)生的頑強拼搏精神、創(chuàng)新意識和創(chuàng)新能力、良好的團隊意識等，使學(xué)生能適應(yīng)現(xiàn)代藥物研究與開發(fā)的要求、具有獨立從事科學(xué)研究的能力。

　　在教學(xué)方面，涵蓋有機化學(xué)、藥物化學(xué)、生物制藥、天然藥物化學(xué)等課程，獲國家級教學(xué)成果二等獎1項、上海市教學(xué)成果獎一等獎1項、三等獎2項。

　　在科學(xué)研究方面，藥物基礎(chǔ)研究和開發(fā)研究取得了系列重要研究成果：基于有效的藥物靶標,發(fā)現(xiàn)了系列具有開發(fā)潛力的先導(dǎo)化合物和若干個候選藥物;基于天然活性分子,發(fā)現(xiàn)了若干新結(jié)構(gòu)類型的先導(dǎo)化合物;獲得了若干Me-better候選藥物;建立完善了系列化學(xué)合成新策略和新方法;解決了一些藥物生產(chǎn)的重大關(guān)鍵技術(shù)問題;對多種中草藥作了活性物質(zhì)基礎(chǔ)研究。獲得5項新藥證書。

　　近5年來，承擔(dān)國家級科研項目30余項、省部級項目10余項，其中國家科技重大專項“重大新藥創(chuàng)制”項目4項、863課題1項;在J.Med.Chem、 Bio.Med.Chem、Bio.Med.Chem.Lett.、Eur. J. Org. Chem.、Angw.Chim.、J.Org.Chem. 、J.Nat. Prod. 等專業(yè)雜志上發(fā)表SCI 收錄論文逾200篇;申請專利55項，獲得17項，省部級獎勵4項.

　　在國際交流與合作方面，先后與美國北卡羅萊納大學(xué)、杜克大學(xué)、長崎大學(xué)、九州大學(xué)、法國巴黎第六大學(xué)、英國倫敦大學(xué)等國外著名高校和學(xué)術(shù)機構(gòu)、企業(yè)建立了良好的研究合作關(guān)系。每年選派研究生到國外學(xué)習(xí)，進行博士生和碩士研究生的聯(lián)合培養(yǎng)，鼓勵研究生參加國內(nèi)外的學(xué)術(shù)會議。

　　本學(xué)科培養(yǎng)人才主要就業(yè)趨勢：藥物研究機構(gòu)、醫(yī)藥院校、醫(yī)院臨床藥學(xué)研究中心、國內(nèi)外著名企業(yè)新藥研發(fā)中心、藥監(jiān)局等從事藥物研究與開發(fā)及行政監(jiān)管等部門。