由于地處湘鄂渝黔四省邊區(qū)，為土家族、苗族等少數(shù)民族的聚居中心，吉首大學(xué)自1958年建校之初便十分重視民族文化研究。吉首大學(xué)人類學(xué)民族學(xué)研究所前身為民族文化研究所，創(chuàng)設(shè)于1982年。1998年調(diào)整機(jī)構(gòu)和研究方向后，建立了民族學(xué)研究所，隸屬于政法學(xué)院 。

　　本院是一個(gè)以研究為主，同時(shí)承擔(dān)本科教學(xué)任務(wù)的科研教學(xué)機(jī)構(gòu)。2001年民族學(xué)學(xué)科被列為湖南省重點(diǎn)學(xué)科，2002年吉首大學(xué)成為湖南省民族學(xué)研究基地。2003獲得民族學(xué)專業(yè)獲碩士學(xué)位授予權(quán)，2004年正式招生。2004年吉首大學(xué)進(jìn)行教學(xué)科研機(jī)構(gòu)改革，民族學(xué)研究所從政法學(xué)院獨(dú)立，并改名為人類學(xué)民族學(xué)研究所。與原屬政法學(xué)院的歷史系系所合一，保留各自名稱和編制，組建統(tǒng)一的領(lǐng)導(dǎo)班子，規(guī)劃系所的教學(xué)和科研工作。