山東農業(yè)大學學位與研究生教育始于1954年，1978年成為國務院學位委員會批準的首批碩士學位授權單位，1986年開始招收博士研究生。1995年，被批準建立山東省省屬高校首家博士后科研流動站。
學校擁有10個博士后科研流動站，9個一級學科博士點、49個二級學科博士點，21個一級學科碩士點、98個碩士點，6個碩士專業(yè)學位授權點，其中工程碩士培養(yǎng)領域6個。博士生教育涵蓋理、工、農、管理四大學科門類，碩士生教育涵蓋經濟、法、文、理、工、農、管理七大學科門類。形成了多學科多元化高層次人才培養(yǎng)體系。
學校現(xiàn)有1個國家重點實驗室、2個國家重點學科、1個國家工程技術研究中心，2個農業(yè)部重點學科、2個農業(yè)部重點開放實驗室、1個農業(yè)部綜合性重點實驗室、1個農業(yè)部農業(yè)科學觀測實驗站，16個省級重點學科、13個省級重點實驗室，1個國家小麥改良分中心、1個農業(yè)部谷物品質檢測中心、1個國家森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站、1個黃淮海區(qū)域玉米技術創(chuàng)新中心、11個省級工程技術研究中心。良好的研究平臺和科研條件為研究生培養(yǎng)提供了有力支撐。
學校在擴大研究生招生規(guī)模的同時，更加注重強化制度建設，規(guī)范培養(yǎng)過程，提高培養(yǎng)質量。研究生招生人數(shù)由2005年的571人增加到現(xiàn)在920人，研究生在校規(guī)模由2005年的2035人發(fā)展到現(xiàn)在的3006人。研究生已成為我�？蒲泄ぷ鞯纳�。學校獲得的多項成果和專利中，研究生作為主要研究力量做出了積極的貢獻。
經全校共同努力，學校學位與研究生教育無論是學科結構、學生規(guī)模還是人才培養(yǎng)質量都得到長足發(fā)展，初步建立了與經濟、社會發(fā)展相適應的學位與研究生教育體系，培養(yǎng)了大批社會急需的高層次人才，為提升學校辦學水平、建設高水平大學、實現(xiàn)學校全面協(xié)調可持續(xù)發(fā)展做出了積極貢獻。